Bảo quản sai cách cũng gây mất chất yến, thậm chí gây đau bụng, bất lợi cho tiêu hóa. Yến thô nên cất giữ nơi khô ráo, tránh nơi quá kín có ẩm mốc hoặc có ánh sáng chiếu vào (năng lượng ánh nắng mặt trời có thể phá vỡ cấu trúc và thành phần dinh dưỡng của tổ yến). Yến tươi cần để ráo nước, đựng trong hộp có nắp đậy và cất giữ trong ngăn mát tủ lạnh được khoảng một tuần. Để tiện lợi cho việc thưởng thức, chị em có thể chế biến lượng yến lớn mỗi lần và chia nhỏ, bỏ tủ lạnh ăn dần trong một tuần. Nếu muốn để vài tháng hoặc một năm, tổ yến sau khi nhặt sạch lông cần sấy khô bằng quạt trong khoảng khoảng 14 tiếng. Khi sợi yến hoàn toàn khô ráo thì cất vào hộp kín hoặc túi hút chân không, đặt nơi tránh ánh sáng mặt trời. Tổ yến không ăn được nếu bề mặt chuyển màu đen, do vi khuẩn ăn mòn hoặc bị oxy hóa nghiêm trọng.
