Hạt sen có vị ngọt, chát, tính bình, vào kinh tâm, phế, thận. Hạt sen thường được dùng để chữa các chứng tì hư tiêu chảy, hồi hộp bất an, mất ngủ, mộng nhiều, nam giới di tinh, hoạt tinh, phụ nữ kinh nguyệt và huyết trắng nhiều, chán ăn... Dưới đây là một số công thức dùng hạt sen để chữa các chứng bệnh: Thận hư, di tinh: Hạt sen 15 g, khiếm thực 15 g, củ mài 20 g, ngân nhĩ 6 g, đường trắng vừa đủ. Hạt sen, khiếm thực, củ mài, ngân nhĩ lần lượt rửa sạch cho vào nồi đất, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ ninh lấy nước cốt, bỏ bã, nêm đường trắng thì dùng. Tiểu ra máu: Hạt sen 120 g, vo sạch cho vào nồi đất, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ ninh lấy nước cốt, bỏ bã, chia 2 lần dùng trong ngày. Suy nhược thần kinh: Hạt sen 15 g, long nhãn 15 g, bách hợp 12 g, ngũ vị tử 9 g. Hạt sen, long nhãn, bách hợp, ngũ vị tử rửa sạch cho vào nồi đất, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ ninh lấy nước cốt, bỏ bã thì dùng. Mất ngủ, tâm phiền, mộng nhiều: Hạt sen 15 g, vo sạch, hãm với nước sôi, dùng uống thay trà, dùng mọi lúc. Tiểu đêm nhiều: Hạt sen 30 g, khiếm thực 50 g, thịt nạc 120 g, muối một ít. Thịt nạc rửa sạch, thái lát cùng hạt sen, khiếm thực cho vào nồi đất, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ hầm đến cô đặc, nêm muối gia vị, dùng canh, ăn thịt, liên tục 2 tuần. Suy nhược do cao tuổi: Hạt sen 35 g, đường đỏ 35 g, rượu gạo 30 ml, trứng gà 1 quả. Hạt sen, đường đỏ, rượu gạo cho vào nồi, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ ninh cô đặc, đập trứng gà vào, mỗi tối dùng 1 lần, dùng liên tục 1 tháng. Di tinh, hoạt tinh: Hạt sen, ích trí nhân, long cốt với mỗi phần bằng nhau. Hạt sen, ích trí nhân, long cốt lần lượt rửa sạch, để ráo nước, tán mịn, mỗi lần dùng 6 g, dùng lúc bụng đói hoặc uống với nước cơm. Kinh nguyệt quá nhiều: Hạt sen già 20 g, vo sạch, bỏ tim, tán mịn, mỗi lần dùng 3 g, uống với nước cơm. Tâm phiền mất ngủ: Tim sen 3 g, táo nhân 12 g, dạ giao đằng 12 g. Tim sen, táo nhân, dạ giao đằng rửa sạch cho vào nồi đất, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ ninh đến đặc, lấy nước dùng. Say nắng: Tim sen 15 g, rửa sạch hãm với nước sôi, dùng uống thay trà. Huyết trắng: Hạt sen 36 g, câu kỷ tử 30 g, phèo vừa đủ. Phèo rửa sạch, cắt đoạn, cùng hạt sen đã vo sạch và câu kỷ tử cho vào nồi đất, thêm nước vừa đủ, bắc lên bếp, đun sôi bằng lửa mạnh, chuyển lửa nhỏ ninh đến khi phèo chín thì dùng. Tăng huyết áp: Tim sen 9 g, rửa sạch, hãm với nước sôi, dùng uống thay trà. Nôn ói không cầm: Hạt sen 100 g, rửa sạch, bỏ tim, để ráo nước, cho vào chảo, bắc lên bếp, sao vàng, tán mịn, uống với nước sôi để nguội.
Y học hiện đại với việc sử dụng hạt sen làm thuốc chữa bệnh Với lợi ích to lớn của các thành phần có trong cây sen, các nhà khoa học Mỹ và phương Tây đang nghiên cứu triệt để về cây trồng này. Trong số này có nghiên cứu về chất chống ô-xy hóa có trong hạt sen trong việc kháng viêm và chống lão hóa. Theo nghiên cứu của Tiến sĩ Tian ở Viện KI công bố tháng 11 năm ngoái thì đến nay con người đã tìm thấy nhiều hợp chất quý có trong hạt sen có tác dụng kháng vi-rút herpes 1. Thực ra, nghiên cứu này được thực hiện từ những năm 60 ở thế kỷ trước nhưng ngày nay người ta mới có đủ thời gian kiểm chứng. Ngoài tác dụng kháng viêm, rất nhiều thành phần trong hạt sen có tác dụng làm giảm huyết áp, qua thử nghiệm trên động vật đã chứng minh được điều này. Qua nghiên cứu, y học hiện đại còn phát hiện thấy trong hạt sen còn có chứa nhiều hợp chất có công năng tác dụng giống như chất làm se, có tác dụng làm giảm rò rỉ dịch của các bộ phận nội tạng, như lá lách, thận và tim...Vì vậy những người đàn ông mắc bệnh thận, bệnh suy giảm tình dục, nếu thường xuyên ăn hạt sen sẽ có tác dụng tốt cho sức khỏe. Riêng nhân xanh có trong hạt sen tuy có mùi vị hơi đắng nhưng lại có tác dụng "làm mát", giải nhiệt cho cơ thể.
